查重是全选对比是包括参考文献的。一般情况下，提交查重时，参考文献这部分内容是附带一起提交的，但是大部分查重系统特别是知网查重系统是可以有效识别出参考文献的，识别出来的参考文献里面的内容是不会被标红的。

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